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肛腸鏡的查看流程如下，患者在承受肛腸鏡查看前12小時要製止食用任何食物，需求服用瀉藥製劑，最大限度清除下消化道內一切內容物，保證查看的順利進行。受檢者在查看前需求運用鎮靜劑藥物，從而減輕患者不適症狀反應。隨後保持側臥方式，並將膝蓋朝胸腔部位彎曲。醫務人員會運用附帶有結腸鏡的纖維導管從肛門進入，並且會向局部器官組織中注入氣體，讓腸道保持膨脹狀態，
從而更好觀察結腸、直腸等腸道內部結構狀況。部分患者因為病情確診需求，會運用附帶在纖維管中或者電子鏡中取樣鉗對局部組織進行活體取樣，以及病理學剖析。正常狀況下，肛腸鏡查看時長大約為20-30分鍾。
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